שנת ה-90 מאופיינת בקליטת עליה, משבר שעבר על ההתיישבות השיתופית, המועצות האזוריות הופכת למועצות המשרתות את הציבור, בדומה לרשויות מקומיות עירוניות. העלייה הגדולה, פיתוח אזורי תעשיה, הפיכת שטחים משטחים חקלאיים לאזורי תעסוקה כדוגמת אירפורט-סיטי.
בשנות ה-2000 בג"ץ קרקעות מ-2002 סוגר את החזית בנושאי שינויי היעוד וחסימה של קבלת כספים מקרקע חקלאית, תמ"א 35 ושפת המרקמים, כולל מרקמים עירוניים. המצב החדש מעמיד את ההתיישבות בעמדה של מגננה.
הלגיטימציה למועצה האזורית – שימור המרחב הכפרי, שמירת האופי החקלאי כפרי, הדימוי הירוק, החקלאות כערך חברתי, סביבתי ולא רק כלכלי .
מתוך דברי פרופ' ערן רזין בכנס השולחן העגול שהתקיים במרץ 2013 באוניברסיטה העברית
