לאורית שלום!
ראשית, הקביעה שלך בפתיחה: "...שעדיין לא היה ועד מקומי (היתה זהות ועדים) במושבנו" - הנה שגויה. מכיוון שועד מקומי תמיד היה - ע"פ חוק. יתכן שהוא לא תפקד - אך זו סוגיה אחרת. "זהות וועדים" זה רק לעניין הפרסונאלי - מי משמש כחברי הועד המקומי - ולא לעצם קיומו (בניגוד למה שאולי קיים אצלכם היום: בחירות לתוספת נציגות ו/או בחירות נפרדות באופן מלא - למי שמשמשים כחברי לוועד המקומי).
ולעניין השימוש בתקציביי פיתוח ושיפוצים, המגיעים באמצעות/דרך המועצה: ברוב המושבים - רוב המבני הציבור שייכים לאגודה ואין מניעה, במקום מסודר, שבהם יש הסדרים והסכמים בין האגודה לועד המקומי, על הפעלת מבני הציבור באמצעות הועד המקומי. וכמו כן, שמבני הציבור יעברו שיפוץ בתקציבים של המועצה ו/או תקציבים המגיעים באמצעות המועצה ממשרדי ממשלה שונים ו/או גופים ציבוריים (מפעל הפיס, סוכנות יהודית, חטיבה להתיישבות וכיוצ"ב). במקומות שהועד המקומי אינו פועל ואינו מתפקד - ובהם הפעילות המוניציפאלית עדיין מתבצעת ע"י האגודה - אין מניעה שהמועצה תבצע שיפוצים ופיתוח מבני ציבור ו/או תשתיות לפיתוח והרחבת המושב (תשתיות להרחבה חקלאית או הרחבה קהילתית).
המסכנה שלך מהדוגמא שנתת לגבי בית כנסת: שמכיוון שהוא מבנה ציבור - חובת ההחזקה ושיפוץ הנה על הועד המקומי - אינה קביעה נכונה. לדוגמא: אם המיבנה שייך לאגודה - האגודה צריכה להפעיל אותו, לתחזק אותו ולשפץ אותו. אם הוא לא הועבר בהסכם, בין האגודה לוועד המקומי, להפעלה ע"י הועד המקומי. במצב זה - הקביעה מי נושא בעלויות האחזקה והשיפוץ - נובעת מההסכם בין הצדדים.
לדוגמא, אם מבנה הציבור נבנה בשנים האחרונות, בתקציבים של גופים שדרשו כתנאי למתן הסיוע, הוצאת "השטח" עליהם הוא נבנה מהסכם החכירה של האגודה עם ממ"י - האגודה הסכימה והמועצה חכרה מממ"י השטח למטרת בניית אותו מבנה ציבור. המבנה בכלל בבעלות של המועצה האזורית, ויכול להיות מופעל ע"י המועצה (ואז גם מתוחזק/משופץ ע"י המועצה), או שמועבר בהסכם - להפעלה ע"י האגודה או הועד המקומי. בפועל - מוצאים "גוון" רחב של מצבים ואפשרויות.
ברוב המושבים אין "בעיות" בין הועד המקומי לאגודה, כפי שאני חש שקיים במושבך - כעולה מפירוט ו"הקביעות" בשאלתך.
לרוב השאלות בפנייתך - אייני יכול להתייחס ספציפית, מכיוון שהגדרות של תיאור המצב בהן את משתמשת והקביעות שלך בחלקן: אינן מדויקות, או אינן מלאות, או אינן נכונות. ולכן ניסיתי בתשובתי להתייחס לנושא ברמה העקרונית.
בברכה,
מתי גורדון